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원탑경영컨설팅

고민별 찾기기업인증·세제혜택

기업부설연구소·연구개발전담부서, 세액공제까지 제대로 받는 법

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    2026년 2월 시행 기준 소기업은 연구전담요원 3명 이상(창업 3년까지 2명)이면 기업부설연구소, 1명 이상이면 연구개발전담부서로 인정받을 수 있고, 인정 뒤 연구 노트와 인건비 집계를 꾸준히 해야 중소기업 연구·인력개발비 25% 세액공제까지 유지됩니다.

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    중소기업은 일반 연구·인력개발비에 대해 조세특례제한법상 25% 세액공제 방식을 적용받을 수 있습니다.

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    원탑은 설립 요건 점검부터 연구 기록 관리, 실사 대응, 제휴 세무사와의 세액공제 검토까지 함께 합니다.

이 고민으로 바로 문의

연구소를 새로 만들든, 이미 있는 연구소를 점검하든 지금 상태부터 확인하겠습니다.

이런 상황이신가요?

왜 생기는 문제인가

연구소 설립을 서류 작업 정도로 생각하고 시작했다가, 실제 연구 활동과 기록이 뒷받침되지 않아 실사에서 문제가 되거나 세액공제가 부인되는 경우가 있습니다. 반대로 요건을 다 갖추고도 인건비 집계 방식을 몰라 공제를 놓치는 회사도 많습니다. 2026년 2월부터는 기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률과 시행령이 새로 시행되어 인정 기준이 법령으로 정비되었습니다. 설립보다 중요한 것은 운영과 기록입니다.

해결 방법은 이렇게 나뉩니다

2026년 10월 기준 국가법령정보센터와 국세청 안내를 바탕으로 정리했습니다. 세부 기준은 법령 개정에 따라 바뀔 수 있습니다.

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    기업부설연구소

    연구전담요원 기준은 소기업 3명 이상(창업일부터 3년까지는 2명 이상), 중기업 5명 이상입니다. 연구원이나 대학 교원이 창업한 연구개발형 중소기업, 벤처기업이 설립한 연구소는 2명 이상입니다. 독립된 연구공간과 연구 기자재 등 시설 기준도 갖춰야 합니다.

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    연구개발전담부서

    연구전담요원 1명 이상으로 인정받을 수 있어 소규모 기업이 먼저 시작하기 좋습니다. 이후 인력이 늘면 연구소로 전환을 검토합니다.

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    연구·인력개발비 세액공제

    조세특례제한법 제10조에 따라 중소기업은 일반 연구·인력개발비의 25%를 공제하는 방식과, 직전 연도 대비 증가분의 50%를 공제하는 방식 중 유리한 쪽을 검토할 수 있습니다. 다만 최근 4년간 해당 비용이 없었거나 직전 연도 금액이 4년 평균보다 적으면 25% 방식만 쓸 수 있습니다. 신성장·원천기술이나 국가전략기술은 별도의 공제율이 적용됩니다. 적용 여부와 최저한세 등은 제휴 세무사와 함께 확인합니다.

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    사후 관리 체계

    연구 과제 관리, 연구 노트, 인건비 집계, 변경 신고를 꾸준히 해야 인정과 공제가 유지됩니다.

원탑이 하는 일 / 대표님이 준비하실 것

원탑이 하는 일

  • 기업 규모와 인력 기준으로 연구소와 전담부서 중 적합한 형태 판단
  • 연구전담요원 자격, 연구공간 요건 점검
  • 연구 과제 설정과 연구 기록 관리 체계 구축
  • 현장 실사 예상 질문 대비
  • 연구·인력개발비 집계와 세액공제 적용 검토(제휴 세무사 협업)

대표님이 준비하실 것

  • 연구 인력 명단과 학력·경력 자료
  • 연구공간 배치도나 사진
  • 현재 진행 중이거나 계획 중인 기술 개발 내용

진행 순서

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    첫 상담

    회사 규모와 연구 인력 현황을 확인합니다.

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    요건 점검

    인력, 공간, 연구 과제를 점검합니다.

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    설립 준비

    신고 서류와 연구 관리 체계를 갖춥니다.

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    신고와 실사 대비

    대표님 명의로 신고하시고, 원탑은 실사 대응을 돕습니다.

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    운영과 세액공제

    연구 기록과 인건비 집계를 관리하고 결산 시 공제를 검토합니다.

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자주 묻는 질문

대표도 연구전담요원이 될 수 있나요?

기업 규모와 자격 요건에 따라 다릅니다. 법령과 신고관리 기준을 확인해 회사 상황에 맞게 판단해 드립니다.

사무실 한쪽을 연구공간으로 써도 되나요?

연구공간은 다른 부서와 구분되어야 합니다. 구체적인 구분 방식은 기준에 맞게 점검해 드립니다.

연구소만 만들면 세액공제가 자동으로 되나요?

아닙니다. 실제 연구개발 활동과 인건비 집계, 증빙이 있어야 공제를 받을 수 있습니다.

예전에 받은 공제가 문제가 될 수도 있나요?

연구 활동이나 증빙이 부족했다면 사후 검증에서 문제가 될 수 있습니다. 현재 상태를 점검하고 필요한 부분은 제휴 세무사와 함께 대응합니다.

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기업부설연구소·연구개발전담부서, 세액공제까지 제대로 받는 법

연구소를 새로 만들든, 이미 있는 연구소를 점검하든 지금 상태부터 확인하겠습니다.